Da der Malteser Hilfsdienst primär in Deutschland tätig ist, ist das Thema "Wahrung der Menschenrechte" im Arbeitsalltag der meisten Malteser von sekundärer Bedeutung. Wenngleich in diesem Bereich keine quantitativen Ziele existieren, ist jedoch mit dem christlichen Menschenbild besonderer Respekt vor der unveräußerlichen Würde eines jeden einzelnen Menschen verbunden, welcher Arbeit und Haltung der Malteser prägt.

Die Einhaltung der Menschenrechte ist zwingende Voraussetzung bei jeder neuen Ausschreibung und der vertraglichen Einbindung von Partnern. Das beschränkt sich nicht nur auf den Umgang mit eigenen Angestellten (die kranken- und rentenversicherungspflichtig angestellt sein und mindestens den gesetzlichen Mindestlohn erhalten müssen), sondern umfasst auch die Lieferkette, um ausbeuterische Kinderarbeit (gemäß der ILO-Konvention) auszuschließen.

Zum Schutz vor sexualisierter Gewalt gibt es entsprechende Leitlinien und Präventionsbeauftragte in allen Regionen des MHD sowie auf Bundesebene. Diese sind Erstansprechpersonen für Information und Beratung, schulen die Mitarbeitenden zu diesem Thema und sind prozessverantwortlich im Vorgehen bei Vermutungen oder Verdacht von sexualisierter Gewalt.

Eine besondere Rolle spielen Menschenrechte in der Arbeit von Malteser International. Durch Projekte der humanitären Hilfe und Entwicklungszusammenarbeit leisten die Mitarbeitenden von Malteser International einen grundlegenden Beitrag zur Umsetzung der Menschenrechte in Krisenstaaten und Ländern des globalen Südens. Dazu zählt auch die Beteiligung am internationalen Kampf gegen Korruption, Machtmissbrauch und Ausbeutung. Ein Instrument dazu ist der Verhaltenskodex von Malteser International, der für alle Mitarbeitenden eine verpflichtende Vorgabe darstellt.