Zur Kontrolle der ökologischen Nachhaltigkeitsziele und zur Steuerung des Prozesses der Reduzierung des ökologischen Fußabdrucks wurde als Instrument die Malteser Klimabilanz entsprechend GHG Protocol eingeführt. Sie umfasst Emissionskategorien aus Scope 1, 2 und 3 und wurde 2020 erstmalig für vier Beispielstandorte und das Betriebsjahr 2019 erfasst. Bei den Beispielstandorten handelt es sich um die Malteser Zentrale in Köln, die Bezirksgeschäftsstelle in Nürnberg, die Diözesangeschäftsstelle in Münster und die Dienststelle in Kempen. Erfasst wurden die Emissionen durch Heizung, Fuhrpark, Stromverbrauch, Dienstwege, Arbeitswege der Mitarbeitenden, Wasserverbrauch, Abfallmenge und Papierverbrauch (als Beispiel für den Materialverbrauch).

Die Klimabilanzierung wird derzeit ausgeweitet und in die Datenanalyse-Plattform Qlik Sense implementiert, in welcher der Malteser Hilfsdienst (MHD) auch seine Kosten und Erträge erfasst. Zukünftig soll für alle MHD-Standorte automatisiert erfasst werden, welche Emissionen anfallen, sodass das jeweilige unternehmerische Handeln in Zusammenhang mit den ökologischen Auswirkungen gebracht und so gesteuert werden kann (siehe auch Kriterium 6). Die Emissionen werden in Relation zur Betriebsleistung betrachtet. Mit der so ermittelten relativen Kennzahl lassen sich unterschiedliche Jahre und Standorte miteinander vergleichen.

Die sozialen Ziele der Nachhaltigkeitsstrategie werden unter anderem durch das Audit "berundundfamilie" erfasst. So ist beispielsweise die Malteser Zentrale seit 2015 durch das Audit "berufundfamilie" zertifiziert und hat seitdem mehr als 100 Maßnahmen zur Vereinbarkeit von Beruf und Familie bearbeitet. Daneben sind die in Kriterium 2 genannten Themen Bestandteil der regelmäßigen Mitarbeiterbefragung (vgl. Kriterium 9). In diese sollen ab 2021 auch die Themen "Nachhaltigkeit" und "Nachhaltigkeitsstrategie" aufgenommen werden, da neben der ökologischen Nachhaltigkeit auch die Bewusstseinsbildung im Fokus der Nachhaltigkeitsstrategie steht (vgl. Kriterium 2).