Der RNE hat als Hauptziel, die nachhaltige Entwicklung zu einem durchgängigen Kriterium für politische Entscheidungen auf allen Ebenen zu machen. Die Geschäftsstelle des RNE ist darauf bedacht, in allen Belangen möglichst nachhaltig zu operieren.
Empfehlungen des Nachhaltigkeitsrates werden in verschiedene politische Kontexte eingebracht. Eine Kontrolle des Erreichungsgrades im eigentlichen Sinn gibt es nicht. Eine qualitative Bewertung des Erfolgs der Ratsarbeit erfolgt über die Tätigkeitsberichte des Rates jeweils zum Ende einer Berufungsperiode.  
Kontrolliert werden die Ziele der Bundesregierung mit Hilfe der Indikatoren der Nachhaltigkeitsstrategie. Die statistische Kontrolle führt das Statistische Bundesamt durch. In Fortschrittsberichten der Bundesregierung werden Zielerreichungsgrade bewertet und Maßnahmen beschrieben.  

Der Rat für Nachhaltige Entwicklung hat für sich genommen keine quantitativen Nachhaltigkeitsziele für interne Prozesse und Projekte festgelegt. Innerhalb der Geschäftsstelle wird im Rahmen der individuellen Zielvereinbarung zu Beginn eines Jahres angeregt, dass die einzelnen Mitarbeiter*innen qualitative Nachhaltigkeitsziele festlegen.